علامه حكيمي نقل كرده است «مرحوم شيخ استاد – رضوانُ الله تعالي عليه – در 15-10سال آخر عمر، درس‌ها را در منزل مي‌گفتند. در يكي از روزهاي درس اسفار، مرحوم آية الله‌العظمي حاج سيّد محمّد هادي ميلاني (م: 1395ق) تنها و سرزده وارد شدند. ايشان در اوايل اقامت در مشهد، در كارهاشان، با مرحوم شيخ استاد مشورت و از ايشان نظر‌خواهي مي‌كردند (چون به‌طبع، شيخ به اوضاع مشهد واردتر بودند). آن‌روز نيز براي همين منظور آمده بودند. درس تازه شروع شده بود و چند سطري خوانده بودند. صفحات 90 تا 95 بود، از اسفار چاپ سنگي قديم. هر روز حدود يك صفحه – چند سطر كم – از آن چاپ مي‌خواندند. آن روز درسي به‌كمال گفتند. رسم شيخ استاد بر اين بود كه چون به هنگام درس مهماني مي‌رسيد، از طلاب عذرخواهي كرده درس را تعطيل مي‌كردند. آن‌روز به عكس عمل كردند: از آقاي ميلاني عذر خواستند و سخناني به اين مضمون گفتند: «رفقاي درس از راه‌هاي دور مي‌آيند، اگر اجازه بدهيد درس را ادامه بدهيم ...». مرحوم ميلاني مبادي آداب بود، استقبال كرد و تأكيد بر اينكه درس را بفرماييد. بدين‌گونه درس ادامه يافت، حتي از يك صفحه چند سطر افزون، درس تمام شد. و ما فوري برخاستيم و درآمديم تا وقت آقاي ميلاني بيشتر گرفته نشود. شيخ استاد به رسم خود تا دم در به بدرقه طلاب و دوستان آمدند. دم در به بنده فرمودند، چون آقاي ميلاني تنها آمده‌اند، شما باشيد تا در برگشتن ايشان را همراهي كنيد (و من به خدمت كردن به عالمان و استادان علاقه داشتم، و شيخ استاد اين را مي‌دانستند)
حدود نيم‌ساعت در كوچه قدم زدم، كه آقاي ميلاني بيرون آمدند، و با حاج شيخ خداحافظي كرديم و من فوري درشكه‌اي پيدا كردم و با آقا سوار شديم. آقاي ميلاني فرمودند، كروك را بكشيد و من با كمك درشكه‌چي كروك را كشيديم. همين كه درشكه به راه افتاد، بي‌درنگ، گفتند عجب درس پاكيزه‌اي عجب پاكيزه! (تعبير پاكيزه كه چند بار تكرار كردند از خود ايشان است). عرض كردم، بله آقا، ملاحظه فرموديد ... اگر چيزي خدمتتان عرض شده است خلاف واقع است. فرمودند، نه، پاكيزه، پاكيزه – بعد اضافه كردند: - پس چطور رد هم نكردند، مي‌گويند ايشان فلسفه را رد مي‌كند. عرض كردم، اين را هم ظاهراً خلاف خدمتتان عرض كرده‌اند، اگر گفته‌اند كه ايشان مطالب را ناقص و دست و پا شكسته مي‌گويد، تا قابل رد باشد، و سپس في‌المجلس هر طور شده آنها را رد مي‌كند، هرگز اينطور نيست. ايشان درس فلسفه را – تمام و كمال – مي‌گويد و ادامه مي‌دهد، و هر 15 تا 20 روز يك‌بار، هنگامي كه فصول و مطالبي تمام مي‌شود، و حق مطلب از نظر تدريس علمي ادا مي‌گردد، و مي‌خواهند وارد مطلب ديگر و فصل ديگري بشوند، هر جا مطلب اشكالي داشته باشد، يادآوري مي‌كنند، كه اين مباني و مطالب و دلايل – طبق بحث‌هايي مستند كه عرضه كرده‌ايم – ناتمام است. چون ايشان بحث‌هايي عميق دارند كه اصحاب درس ايشان با آنها آشنايند و آن مباني را مي‌دانند و از نقدها و نقض‌ها آگاهند، با ارجاع به آنها نظرهاي انتقادي را گوشزد مي‌كنند، و سپس وارد بحث بعدي مي‌شوند، و به‌كمال مطالب را شرح مي‌دهند و گاه مدتي درنگ مي‌كنند تا ابعاد گوناگون بحث، و وجوه يا دلايل فلسفي و عرفاني، روشن شود و حق مطلب ادا گردد. و حتي گاه ديگر كتب و مدارك را مي‌آورند، و همه جوانب مطلب را مي‌سنجند و تكميل مي‌كنند. مجدّد آقاي ميلاني تعريف و تأييد كردند
سپس گفتم: درس معارف قرآني هم دارند كه جداست، و روز پنجشنبه و جمعه گفته مي‌شود. اساس آن درس بيان اصول معارف قرآني است. نهايت هر جا به بحثي فلسفي و عرفاني مربوط شود، بدان بحث نيز اشاره مي‌كنند، و موارد نقد و اشكال و عدم انطباق و نابجايي تأويل را يادآور مي‌شوند، و ايشان طلاب و فضلا را از «تعبّد در عقليّات» و «تقليد در معارف» پرهيز مي‌دهند
مي‌گويند مطالب معارف و اصول چنان نيست كه در آنها تعبد و تقليد روا باشد، و بگوييم چون بزرگي گفته است پس بايد پذيرفت (نقل مطالب و عبارات به‌تقريب). روشن است كه تأييد شخصي چون آقاي ميلاني حجت بود. ايشان خلاف‌گو نبود و نيازي نيز به خلاف‌گويي نداشت و تأييد وي براي ما دلگرم‌كننده نيز بود. چون آقاي ميلاني خود از اساتيد مسلّم فلسفه بود و فلسفه‌داني ماهر بود، و شاگرد مبرّز و منحصر به فرد صاحب «نهايةُ‌الدّراية»، و منظومه «تحفةُ الحكيم» (كه برخي آن را بر منظومه سبزواري ترجيح داده‌اند) بود»
برگرفته از محمدرضا حكيمي. مكتب تفكيك. تهران. دفتر نشر فرهنگ اسلامي. چاپ سوم. 1377