آثار شيخ مجتبي قزويني را بايد بيشتر در زحمات 40 ساله وي در تدريس و تعليم و تربيت شاگردان بسيار دانست. او اصول (سطح و خارج) و فقه (سطح و خارج) و متون مهم فلسفه و فلسفه انتقادي و معارف ناب قرآني را تدريس مي‌كرد، و در كار تربيت خواستاران و تعليم‌طالبان مي‌كوشيد. روش تدريس او در حكمت و فلسفه بسيار آموزنده، و پرورنده استعداد و نشان‌دهنده راه «تفكّر اجتهادي» در «مقام تعقّل» بود. اين چگونگي به طور نمايان در آثار چاپ شده وي منعكس نگشته است كه مايه افسوس است. اما آثار مكتوب وي
جلد اول، در بيان «توحيد قرآن» و فرق‌هاي آن با توحيد فلسفه و عرفان و ذكر هشت فرق بسيار مهم بدين شرح
علم خداوند*
حدوث عالم*
مسأله بدا*
جبر و تفويض*
قضا و قدر*
سعادت و شقاوت*
هدايت و ضلالت*
دعا*
جلد دوم، در بيان وحي و نبوّت از نظر قرآن كريم، و فرق‌هاي آن با تعريف وحي و نبوت به مشرب فلسفه و عرفان، و نيز بيان وجوه «اعجاز قرآن» و مهمترين وجه آن - معارف نوآيين
جلد سوم، در بيان معاد خالص قرآني (معاد جسماني)، وجوه فرق و تفاوت آن با معادهاي تصوّري فلسفي و عرفاني (معاد برزخي و مثالي)، و – از جمله – ذكر پنج اصل، كه «معاد قرآن» مبتني بر آنهاست
اصل اول: حدوث عالم و كيفيّت خلقت آن*
اصل دوم: خلقت انسان و عوالم آن*
اصل سوم: خلقت حضرت آدم «ع»*
اصل چهارم: تناسخ (و رّد آن)*
اصل پنجم: امكان خراب شدن عالم و خلقت عالم ديگر*
جلد چهارم، در بيان نقش اساسي معصوم «ع» در هدايت اصلي، ضرورت رجوع به معصوم براي فهم درست قرآن و هدايت‌يابي از قرآن كريم، و بيان حديث نبوي مسلّم الصّدور «ثَقَلَين»، و ردّ مطالب سخيف و مردود غزالي، در كتاب «القِسطاسُ المستقيم» درباره عدم احتياج به معصوم «ع»
جلد پنجم: در بيان و تحليل مسائل «غيبت معصوم»، «رجعت»، «شفاعت» و تبيين احاديثي درباره «غيبت»، «ظهور» و «قيامت»، و توضيح علايم اين دو حادثه سترگ كه خلط شده است
بيان نظريّه ارسطويي و نقد آن*
نظريّة «مادّية الحدوث بودن نفس» و نقد آن*
نظريّة مادّيين درباره نفس و نقد آن*
و سرانجام تبيين معرفة النّفسِ قرآني*
شيخ استاد معتقد بود كه طالب معارف تحقيقي بايد مباني و مطالب قوم را نيز بداند. از اين جهت خود سال‌ها در خدمت استادان مختلف به تحصيل فلسفه و عرفان پرداخته بود، و از اساتيد بزرگي چون آقا بزرگ حكيم شهيدي، نيك استفاده كرده بود. با اين استاد مسلّم و مشهور فلسفه تا آنجا مأنوس شده بود كه وي نسخه كتاب «اشارات» خود را پشت‌نويسي كرده به شاگرد كوشا و فاضل خويش هديه كرده بود
شيخ استاد مي‌فرمودند، مرحوم آقابزرگ مدتي خارج فلسفه (مانند خارج اصول و خارج فقه) تدريس كرد، و مي‌فرمود مي‌خواهيم مطالب را با نظر اجتهادي بسنجيم، و خارج از محدوده متون و فضاي حاكم بر آنها، و بدون تحت تأثير قرار گرفتن نسبت به مقام علمي و شهرت مؤلّف، آنها را مورد بحث قرار دهيم (عبارات به تقريب). و مي‌فرمودند، ايشان (آقابزرگ حكيم) مدتي «خارج اسفار» گفت، و مطالب اسفار، از جمله مسألة «اصاله الوجود» را از ديدگاههاي مختلف مورد بحث و رسيدگي و رد و قبول قرار داد. و در اين درس آراء موافق و مخالف را مطرح مي‌كرد، و خود نيز نظر مي‌داد، و ميدان را در بست به نظر موافق نمي‌سپرد
بنابر نظر ياد شده، شيخ استاد خود متون فلسفي را تدريس مي‌كرد، و درسي جاذب و عميق داشت، و گاه متون و منقولات را تطبيق مي‌كرد و مورد تدقيق قرار مي‌داد. آري، او خود از نخبگان اساتيد فن و از پختگان وادي معقول بود. و اين به جز ويژگي‌هاي روحي ديگري بود (مراحل تهذيبي و رياضات شرعي) كه داشت و موجب مي‌شد كه تسلّط بهتري بر عقليات و عرفانيات داشته باشد. افزون بر آن پاره‌اي اشارات كه از وي درباره دو نمط آخر «اشارات» شنيده شد، در هيچ جا نديديم كه اهل تخصّص و تبحّر از آنها چيزي دريافته باشند. و اين از نقطه‌هاي ناشناخته است در زندگي و شخصيّت علمي و حجم روحي و بعد معارفي او
محمدرضا حكيمي. مكتب تفكيك. تهران. دفتر نشر فرهنگ اسلامي. چاپ سوم. 1377