شيخ پس از تحصيلات مقدماتي، در سنين جواني، به همراه پدر به «نجف اشرف» مشرّف گشت و در حدود 7 سال در آن سامان مقدّس بماند، و از استادان و عالمان بزرگي چون
سيّد محمّد كاظم يزدي - م: ۱۳۳۷ق*
ميرزا محمّد تقي شيرازي - م: ۱۳۳۸ق *
ميرزا محمّد حسين نائيني (م: ۱۳۵۵ق) كسب فيض كرد*
گفتهاند به معيّت مرحوم آية الله العظمي حاج سيّد ابوالقاسم خوئي (م: ۱۴۱۳ق)، مدتي از درس ميرزا محمّد حسين نائيني نيز بهرهمند گرديد. در يكي از نامههايي كه ميرزاي نائيني، براي ميرزاي اصفهاني نوشته است، ذكر حاج شيخ مجتبي قزويني آمده است.
شيخ سپس به قزوين بازگشت و دو سال در زادگاه خويش بماند. در اين مرحله از عمر خود بود كه به مربي بزرگ، داناي حقايق و اسرار، عالم به معارف قرآني و واجد آن معارف و متعقّل در آن معارف، حضرت سيّد موسي زرآبادي قزويني (م: 1353ق)- كه شوهر خواهر وي نيز بود – رسيد، و با تعاليم او پا به دايره عوالم انسانيّت و شناخت آن عوالم گذاشت و در راه كسب «علم باطن» افتاد، و بسياري از «علوم محتجبه» را نيز از وي بياموخت، و به رياضات و مجاهدات شرعي بپرداخت، و به سير «عوالم الهي» روي آورد. همين استاد بود كه وي را – از همان اوان – به سستي مباني معارف غيرقرآني واقف ساخت، و روي دل او را از فلسفه يوناني، عرفان هندي، اشراق گنوسي و اسكندراني، و فلسفهها و عرفانهاي امتزاجي، به سوي مطلع «حكمت يماني» و مشرق «انوار قرآني» بگرداند.
شيخ سپس به قم آمد و 2 سال نيز در اين شهر علم بماند و از درس خارج شيخ عبدالكريم يزدي (م: ۱۳۵۵ق) استفاده كرد. آنگاه رخت به مشهد كشيد، و در آستانه فيّاض ولايت رضوي ماندگار گشت، و در آن سامان از اين استادان بزرگ بهرهمند گرديد
آقا بزرگ حكيم شهيدي - م: ۱۳۵۵ق*
حاج ميرزا محمّد آقازاده كفائي خراساني - م: ۱۳۵۶ق*
شيخ اسدالله عارف يزدي*
شيخ موسي خوانساري - مؤلّف حاشيه - مكاسب*
ميرزا مهدي غروي اصفهاني خراساني - م: ۱۳۶۵ق*
حاج آقا حسين طباطبائي قمي - م: ۱۳۶۶ق*
شيخ مجتبي قزويني خراساني، پس از گذراندن مراحل ياد شده، بهرهمندي كامل از شعب مختلف علوم معقول و منقول، كمالپذيري با رياضات و عبادات، خود انساني بزرگ و مربيي كامل گشت و در شمار كاملان و بزرگان عالمان باطن در آمد. وي از سال 1347ق در حوزه مشهد شروع به تدريس و تربيت طلاب و فاضلان كرد و 40 سال در مركز علمي مشهد بدين مهم اشتغال داشت و دهها و دهها تن عالم و فاضل و مدرس و واعظ و محقق و مؤلف را در سايه مهرآيين خويش بپروراند و در خلال گفتن درسهاي گوناگون در فقه، اصول، فلسفه، عرفان انتقادي، اخلاق اسلامي و معارف قرآني، به صورتي پدروار و با رفتاري مهربار به حال و احوال طلاّب ميرسيد، و با آنان با تواضع و افتادگي بسيار سلوك ميكرد. او زندگي بسيار ساده داشت، و با اين چگونگي گاه از نيازهاي خود چشم ميپوشيد، و آنچه را ميتوانست به طلبهاي تنگدست برساند ميرسانيد. اين بود كه شيخ بزرگوار كه خود نمونهاي مجسم از تقوي، نفسكشي، و اعراض از مال و منال و جاه و مقام و شهرت و نعمت دنيا بود، براي هر طلبه محصّلي، و هر پوياي اسوهجويي، مايه تسلاّيي بود گرانقدر و تأثيرگذار. وي در برخورد با طلاب شخصيت آنان را هماره رعايت ميكرد و به سادات احترامي ويژه ميگزارد
شيخ در تكاليف سياسي و اجتماعي – به موقع و با شور و اعتقاد – اقدام ميكرد، و در مبارزات و درگيريهاي ديني – سياسي اقدامگر بود، و بيهيچ پروا پا به ميدان مينهاد. اشتغال مداوم او به اذكار و اوراد و عبادات و رياضات و استغراق او در عوالم روحي (خَلَسات) و تعقّل مستمرّ، او را از اقدامهاي لازم باز نميداشت، ليكن هدفگرا و آرمانخواه بود، و اخلاصورز و تهي از هر خواسته و خواهاني. از اينرو از مشوب گشتن كارها به اميال و اغراض و انحراف از اهداف دلسرد ميگشت و دنبال آن را وا مينهاد. به امور مسلمانان و نابسامانيها ميانديشيد و از آن چگونگيها رنج ميبرد، و به ويژه از قلّت «تقواي لازم» و «تعهّد مْلزِم» در برخي از روحانيّين دل خوني داشت، و از استاد خود ميرزاي اصفهاني نقل ميكرد كه آن بزرگ نيز از اين بابت دلي خونين داشته است و غمي گران ميخورده است
و سرانجام اين عالم ربّاني و انسان قرآني، پس از مدتي بيماري معدي – كه به احتمال قوي از شدت رياضات و اعتياد به «جوع» عارض وي شده بود – در روز ۲۲ ماه ذيحجّه سال ۱۳۸۶ هجري قمري (مطابق ۱۳۴۶/۱/۱۴ ه.ش)، از جهان ديده فرو بست و در صحن عتيق رضوي (صحن انقلاب)، در جانب شمال غربي، به خاك سپرده گشت – رحمة الله عليه و رحمةً واسعه
برگرفته از محمدرضا حكيمي. مكتب تفكيك. تهران. دفتر نشر فرهنگ اسلامي. چاپ سوم. ۱۳۷۷