از سيّد موسي زرآبادي، آثاري چند و نوشته‌هايي فراوان بر جاي مانده است و جالب توجه است كه با اشتغال بسيار به عبادات و رياضات شرعيه، ختومات و اوراد مأثوره، تفكّرات و تعقّلات و خلسات ممتد، تدريس و تربيت شاگردان و گاه اقامه جماعت، همچنين اشتغال به علوم غريبه و تبحّر در آنها، باز به نوشتن اين حجم زياد از تأليفات و مكتوبات توفيق مي‌يابد، با وجود عمري نه چندان طولاني، ۵۹ سال، اينك فهرست تأليفات حضرت سيّد
تقريرات فقه و اصول *
تعليقه بر بخشي از رسائل *
حاشيه بر «كفاية الاصول» - ج ۱ و ۲ *
حاشيه بر «مطوّل» بخش علم بيان *
حاشيه بر «منظومه سبزواري» -۱ *
حاشيه بر «منظومه سبزواري» -۲ – ناتمام*
حاشيه بر «شرح اشارات» - بخش الهيّات *
حاشيه بر «منطق اشارات»*
شرح سلامان و ابسال ابن‌سينا*
رساله اعتقادات - عربي*
اصول دين – فارسي*
رساله‌اي در توضيح حديث «ما الحقيقه»؟*
رسائل و مجالسي در موعظه و اخلاق*
رساله‌اي درباره «مشروطيت»- مختصر*
رسائل و نسخه‌هايي مهم در انواع «علوم غريبه»*
برگرفته از: محمدرضا حكيمي. مكتب تفكيك. تهران. دفتر نشر فرهنگ اسلامي. چاپ سوم. ۱۳۷